대학병원등 의료기관의 임상용역 수행이 면세대상인 학술내지는 기술개발 영역에 속하는가? 아니면 돈을 벌기위한 단순 용역에 불가한가?

기획재정부는 학술과 기술개발이 아닌 '단순 용역'으로 간주,부가가치세 적용이 타당하다는 입장인 반면 의료계는 '말도 안된다'며 강력 반발하고 있다.

이같은 논쟁은 최근 국세청에서이 3개 학교법인(한림대, 을지대, 가톨릭대)에서 수행한 임상시험 용역에 대해 지난 2008년부터 2012년까지 5년치의 부가세 130억원 상당을소급적용 하면서 가열되고 있다.

대한병원협회에 이어 대한의사협회도 임상용역에 부가가치세를 적용하는 것은 '부당하다'며 즉각 철회를 요구하고 있다.

특히 의협은 '국내 의료산업 발전과 임상실험 여건 개선의 저변확대를 위해 반드시 임상시험에 대한 부가가치세 부과는 철회되어야 하며, 지속적인 면세 적용이 필요'고 밝혔다.

한편 의료계는 임상시험에 대한 부가가치세 부과의 문제점과 관련 '우리나라 임상시험의 가격경쟁력 저하 우려'를 들었다.

의료계는 우리나라가 세계 10위권의 임상시험 선진국으로 발돋움한 원동력은 높은 의료수준, 임상시험에 대한 정부의 꾸준한 지원, 다른 국가에 비해 저렴한 연구비에 기인하고 있다고 밝혔다.

그러나 임상시험에 대해 부가가치세가 부과될 경우 현재의 활발한 임상연구 여건을 저해할 우려가 있으며, 이는 궁극적으로 제약산업과 의료기술 발전 자체를 저해해 국민의 건강권을 침해하는 결과로 귀결될 우려가 있다고 경고했다.

의료계는 또 현 정부에서는 일자리 창출 및 경제활성화를 위해 여러 규제들의 철폐를 적극 추진하고 있는 상황인데, 임상연구에 대해 부가가치세를 부과한 것은 이러한 규제완화 정책방향에도 배치되는 것으로 오히려 임상시험에 대해 적극적으로 면세를 적용해 임상시험 여건을 개선해 주는 것이 필요하다고 주장했다. 

더구나 임상시험 건수의 50%가 다국적 제약사와의 계약이어서 부가가치세 부과로 인해 해당 병원과 다국적 제약사 간에 분쟁을 야기할 우려가 있으며, 이는 궁극적으로 국가간의 분쟁으로 비화될 우려가 있다는 것이다.