보건복지부(장관 정은경)와 질병관리청(청장 임승관), 식품의약품안전처(처장 오유경)는 23일 감사원이 발표한 ‘코로나19 대응실태 진단 및 분석’ 성과감사 결과를 전면 수용하고, 신종 감염병 재유행에 대비한 부문별 개선조치를 신속히 추진하겠다고 밝혔다.
이번 감사는 ▲코로나19 대응체계 ▲방역대응 ▲의료대응 ▲사회대응 ▲백신 등 5개 부문에 걸쳐 위기소통, 기관 간 협업, 방역·의료 인프라, 의료제품 관리, 백신 안전관리 체계 전반의 보완 필요성을 지적했다. 정부는 해당 지적사항을 현재 수립 중인 ‘감염병위기관리체계 고도화 계획’에 반영해 제도적 정비를 마무리한다는 방침이다.
우선 기관 간 협업체계 명확화와 위기소통 일원화에 나선다. 질병관리청은 감염병 재난 시 대국민 메시지를 통합 관리하기 위해 디지털·위기소통 태스크포스(TF)를 설치(’25.7)했고, 방역당국과 지방자치단체 간 혼선을 줄이기 위한 「공중보건 및 사회대응 매뉴얼」을 2026년 상반기 제정할 계획이다. 아울러 신속한 백신 도입 의사결정을 위해 ‘백신도입 범정부 협의체 설치 및 운영에 관한 규정(총리훈령)’을 올해 1월 제정, 부처별 대응체계도 구체화했다.
방역·의료 인프라도 확충한다. 질병관리청은 항공기 내 접촉자 관리 강화를 위해 「검역업무지침」을 개정(’25.10)했으며, 보건소 간 역학조사 협업 강화를 위해 방역통합정보시스템을 2026년 3분기까지 개선할 예정이다. 역학조사관 양성과 확보를 위한 규정 개정(’25.3)을 완료하고, 인센티브 지원 방안도 지속 검토한다. 권역 감염병전문병원 구축 역시 적정 부지 확보와 총사업비 관리 등을 통해 속도를 낼 방침이다.
의료제품 관리체계도 손질한다. 식품의약품안전처는 공중보건 위기 시 의료기기 지정과 유통 개선 조치 기준을 구체화한 절차서를 2026년 5월까지 마련할 예정이다. 공적 마스크 유통의 공정성 강화를 위해 판매처 지정과 가격 설정 기준을 논의(’25.12)했으며, 향후 관계부처 협의를 거쳐 유통 개선조치 해제 기준도 마련한다는 계획이다.
사회적 거리두기와 코호트 격리(공동격리) 기준도 보다 명확해진다. 질병관리청은 과학적 근거에 기반한 거리두기 기준을 「공중보건 및 사회대응 매뉴얼」에 반영하고, 코호트 격리의 과도한 시행을 방지하기 위해 「1급 감염병 대응지침」을 개정(’26.1)해 지자체에 안내했다. 관련 법적 근거 마련을 위한 「감염병예방법 시행령」 개정도 2026년 상반기 추진 중이다.
백신 안전관리 체계 역시 단계별로 보완된다. 백신 품질 이상 신고 처리 절차에 대한 연구용역을 완료(’25.10)하고, 식약처 신고 및 품질조사 의뢰 등 구체적 절차를 마련 중이다. 백신 오접종 관리도 지침과 시스템을 개선했다. 질병관리청은 국가출하승인 결과 확인 후 접종하도록 하는 매뉴얼을 2026년 상반기 마련하며, 식약처는 긴급사용 승인 백신에 대한 품질검증 제도 도입과 법적 근거를 2026년 5월까지 확보할 예정이다.
정은경 보건복지부 장관은 “국민의 협력과 지원으로 코로나19를 극복하고 일상을 회복할 수 있었다”며 “감사원 지적사항을 관계부처와 협력해 충실히 개선하겠다”고 밝혔다. 오유경 식품의약품안전처장은 “팬데믹 대응 과정에서 시행된 조치를 체계적으로 보완해 미래 감염병 위기 대응 역량을 강화하겠다”고 말했다. 임승관 질병관리청장도 “이번 감사는 대응체계를 객관적으로 점검하는 계기였다”며 “감염병 위기관리체계 고도화를 통해 향후 신종 감염병 발생 시 국민 건강 보호와 사회·경제적 피해 최소화에 최선을 다하겠다”고 강조했다.
